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ORF,cDNA,CDS,EST... z  

2011-01-02 11:44:57|  分类: Biology |  标签: |举报 |字号 订阅

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本文转载自selene《ORF,cDNA,CDS,EST...》
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原文地址:ORF,cDNA,CDS,EST...    原文作者:selene
ORF序列:即为Open reading frame ,表明这个DNA序列可能是一个基因,但具体的基因编码序列需要其他的内容来补充,因为这一段DNA序列按三联体密码子读可以有六种读法。如果明确这段DNA序列的启动子和终止子序列就可以明确这段序列的氨基酸信息。
cDNA序列:互补DNA序列,指的是mRNA为在逆转录酶的作用下将形成DNA的过程。这个DNA即为cDNA序列,它没有内含子和外显子的区别,在原核生物中可以作为一个多肽的编码基因序列,但在真核生物内由于没有内含子,所以它不能完全作为一个多肽的编码基因序列。
CDS序列:编码序列,从起始密码子到终止密码子的所有序列。CDS是用来编码蛋白质的那段序列,是mRNA的一部分.
通常外显子指的是编码蛋白序列.严格地说,外显子是指保留在初级mRNA中不被剪切掉的区域,包括5’非翻译区(5’UTR)、编码序列和3’非翻译区(3’UTR)。所以mRNA的外显子的概念应该要大于CDS序列的范畴
EST序列:表达序列标签。一个多肽链编码基因的短的cDNA序列,平均长度为360 ±120bp ,一般可以作为分子标记使用;当出现EST序列的时候,很可能也就是一个编码基因所在的部位。
转录起始位点:基因开始转录的部位,一般具有一些特殊的序列,如Pribnow框盒,其序列为TATAAT;-10序列:-35序列,其保守序列为TTGACA;这些特殊序列的主要作用为:
Pribnow框盒:
①与 RNA聚合酶紧密结合;

②形成开放启动复合体;

③使RNA聚合酶定向转录。
-10序列:影响转录的效率;
-35序列:

 

待续。。。

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