ORF序列：即为Open reading frame ，表明这个DNA序列可能是一个基因，但具体的基因编码序列需要其他的内容来补充，因为这一段DNA序列按三联体密码子读可以有六种读法。如果明确这段DNA序列的启动子和终止子序列就可以明确这段序列的氨基酸信息。
cDNA序列：互补DNA序列，指的是mRNA为在逆转录酶的作用下将形成DNA的过程。这个DNA即为cDNA序列，它没有内含子和外显子的区别，在原核生物中可以作为一个多肽的编码基因序列，但在真核生物内由于没有内含子，所以它不能完全作为一个多肽的编码基因序列。
CDS序列：编码序列,从起始密码子到终止密码子的所有序列。CDS是用来编码蛋白质的那段序列，是mRNA的一部分.
通常外显子指的是编码蛋白序列.严格地说,外显子是指保留在初级ｍＲＮＡ中不被剪切掉的区域,包括5’非翻译区(5’UTR)、编码序列和3’非翻译区(3’UTR)。所以mRNA的外显子的概念应该要大于CDS序列的范畴
EST序列：表达序列标签。一个多肽链编码基因的短的cDNA序列，平均长度为360 ±120bp ，一般可以作为分子标记使用；当出现EST序列的时候，很可能也就是一个编码基因所在的部位。
转录起始位点：基因开始转录的部位，一般具有一些特殊的序列，如Pribnow框盒，其序列为TATAAT；-10序列：-35序列，其保守序列为TTGACA；这些特殊序列的主要作用为：
Pribnow框盒：
①与 RNA聚合酶紧密结合；
②形成开放启动复合体；
③使RNA聚合酶定向转录。
-10序列：影响转录的效率；
-35序列：
待续。。。
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