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引用 Ka/Ks与分子进化常用软件

2010-08-14 08:51:59| 分类： Bioinformatics | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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本文转载自fhqdddddd《Ka/Ks与分子进化常用软件》

引用

fhqdddddd 的 Ka/Ks与分子进化常用软件

http://pubmlst.org/software/analysis/start/manual/dsdn.shtml
另外，请参数分子进化基础-李维文

Ka/Ks

　　在遗传学中，Ka/Ks或者dN/dS表示的是异意替换（Ka）和同意替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。
　　不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变，反之则称为非同义突变。一般认为，同义突变不受自然选择，而非同义突变则受到自然选择作用。在进化分析中，了解同义突变和非同义突变发生的速率是很有意义的。常用的参数有以下几种：同义突变频率(Ks)、非同义突变频率(Ka)、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)。如果Ka/Ks>1，则认为有正选择效应。如果Ka/Ks=1，则认为存在中性选择。如果Ka/Ks<1，则认为有纯化选择作用。

Ks = 同义突变SNP数/同义位点数
即同义突变率
Ka = 非同义突变SNP数/非同义位点数
即非同义突变率
同义突变SNP数= Σ同义SNP
非同义突变SNP数= Σ非同义SNP
同义位点数= Σ同义位点
非同义位点数= Σ非同义位点

uKa>>Ks或者Ka/Ks >> 1，基因受正选择(positive selection)
uKa＝Ks或者Ka/Ks ＝1，基因中性进化(neutral evolution)
uKa<<Ks或者Ka/Ks << 1，基因受纯化选择(purify selection)

检测序列的功能性（funcional or pseudo）
? 筛选正在快速进化的基因（rapid evolution）
? Ks可以反映事件发生的时间（age）

分子进化领域常用软件
?系统进化树构建软件列表：
?Phylip
?Clustalw
?PAML－Codml
?其他
?选择压力ka/ks计算软件列表：
?PAML－yn00
?Kaks_calculator
?K-estimator
?其他
?snp搜索软件列表：
?polyphred
?SNPdetector
?BGI-Variation analysis

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