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引用 Ka/Ks与分子进化常用软件  

2010-08-14 08:51:59|  分类: Bioinformatics |  标签: |举报 |字号 订阅

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引用

fhqddddddKa/Ks与分子进化常用软件

http://pubmlst.org/software/analysis/start/manual/dsdn.shtml
另外,请参数 分子进化基础-李维文

Ka/Ks

  在遗传学中,Ka/Ks或者dN/dS表示的是异意替换(Ka)和同意替换(Ks)之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。
  不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变,反之则称为非同义突变。一般认为,同义突变不受自然选择,而非同义突变则受到自然选择作用。在进化分析中,了解同义突变和非同义突变发生的速率是很有意义的。常用的参数有以下几种:同义突变频率(Ks)、非同义突变频率(Ka)、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)。如果Ka/Ks>1,则认为有正选择效应。如果Ka/Ks=1,则认为存在中性选择。如果Ka/Ks<1,则认为有纯化选择作用。

Ks = 同义突变SNP数/同义位点数
即同义突变率
Ka = 非同义突变SNP数/非同义位点数
即非同义突变率
同义突变SNP数= Σ同义SNP
非同义突变SNP数= Σ非同义SNP
同义位点数= Σ同义位点
非同义位点数= Σ非同义位点

 

uKa>>Ks或者Ka/Ks >> 1,基因受正选择(positive selection)
uKa=Ks或者Ka/Ks =1,基因中性进化(neutral evolution)
uKa<<Ks或者Ka/Ks << 1,基因受纯化选择(purify selection)

检测序列的功能性(funcional or pseudo)
? 筛选正在快速进化的基因(rapid evolution)
? Ks可以反映事件发生的时间(age)

分子进化领域常用软件
?系统进化树构建软件列表:
?Phylip
?Clustalw
?PAML-Codml
?其他
?选择压力ka/ks计算软件列表:
?PAML-yn00
?Kaks_calculator
?K-estimator
?其他
?snp搜索软件列表:
?polyphred
?SNPdetector
?BGI-Variation analysis

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