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生物学的相关网址(转载)  

2010-07-22 10:56:35|  分类: Biology |  标签: |举报 |字号 订阅

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进化研究相关的网址 http://sayer.lab.nig.ac.jp/~saitou/journal.html

分子生物学专业信息网 http://bionet.fmmu.edu.cn/ 

李龙承的中文医学论坛 http://www.protocol-online.net/ 

四军大基因所网络中心 http://www.igd.edu.cn/ 

学韬生物化学信息网 http://showtop.yeah.net/ 

北医大医学生物站 http://cmbi.bjmu.edu.cn/ 

免疫学专业信息网 http://www.immunology.net/ 

生命科学第一站 http://bionet.yes8.com/ 

E800B2B http://www.e800b2b.com/ 

General Internet Bio Resources

BioExchange http://www.bioexchange.com/ 

Bio Netbook (Institut Pasteur) http://www.pasteur.fr/recherche/BNB/bnb-en.html 

Biosciences Virtual Library http://vlib.org/Biosciences.html 

Cell & Molecular Biology Online http://www.cellbio.com/ 

ExPASy http://www.expasy.ch/ 

Links2Go: Biology http://www.links2go.com/topic/Biology 

Mindquest.Net: Biology http://www.mindquest.net/biology/index.html 

National Institutes of Health http://www.nih.gov/ 

National Center for Biotechnology Information (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 

Biodiversity and Ecology http://conbio.bio.uci.edu/link/ 

Bioinformatics

Bioinformatics Resource http://www.hgmp.mrc.ac.uk/CCP11/ 

Bioinformatik.de http://www.bioinformatik.de/ 

Botany http://www.ou.edu/cas/botany-micro/www-vl/ 

Biotechnology http://www.cato.com/biotech/ 

Developmental Biology http://sdb.bio.purdue.edu/Other/VL_DB.html 

Entomology(Insects) http://www.colostate.edu/Depts/Entomology/WWWVL-Entomology.html 

Fish, and other Aquatic Animals http://www.actwin.com/WWWVL-Fish.html 

Forestry http://www.metla.fi/info/vlib/Forestry/ 

Genetics http://www.ornl.gov/TechResources/Human_Genome/genetics.html 

InstructionalResourcesinBiology http://www.cau.edu.cn/agrocbi/links/BioLinks/EduRes.html 

Medicine http://www.ohsu.edu/cliniweb/wwwvl/ 

Anesthesiology http://gasnet.med.yale.edu/index.html 

Epidemiology http://chanane.ucsf.edu/epidem/epidem.html 

Pharmacy http://www.pharmacy.org/ 

Veterinary Medicine http://netvet.wustl.edu/vetmed.htm 

Mycology (Fungi) http://www.keil.ukans.edu/~fungi/ 

Neurobiology http://neuro.med.cornell.edu/VL/ 

PhysiologyandBiophysics http://physiology.med.cornell.edu/WWWVL/PhysioWeb.html 

Whale Watching http://www.physics.helsinki.fi/whale/ 

Animal health, wellbeing, and rights http://www.tiac.net/users/sbr/animals.html 

Chemistry http://www.chem.ucla.edu/chempointers.html 

Environment http://earthsystems.org/Environment.shtml 

History of Science, Technology and Medicine http://www.asap.unimelb.edu.au/hstm/hstm_ove.htm 

Oceanography http://www.mth.uea.ac.uk/ocean/vl/  

General sites with focus on many types of animal

NetVet includes a wide range of animal-related Internet resources.

http://netvet.wustl.edu/ 

World Animal Net Directory of close to 10,000 animal protection organizations

with links to 3,000+ organizational Web sites in the USA and outside the USA. http://worldanimal.net/wan.htm 

EE-Link Endangered Species Site http://eelink.net/EndSpp/ 

AnimalConcerns.org http://animalconcerns.netforchange.com/ 

Related subjects in the Virtual Library:

Livestock http://www.ansi.okstate.edu/library/ 

Biosciences http://www.vlib.org/Biosciences.htm 

Veterinary Medicine http://netvet.wustl.edu/vetmed.htm 

Fish http://www.actwin.com/WWWVL-Fish.html 

Access to Multiple Databases

DBGET (requires graphics)

Entrez (DNA/RNA + Protein + Structures + Medline subset)

LabonWeb

NCBI multiple database access

SRS (EMBL, SwissProt, PIR, PDB, Prosite ...)

DNA & RNA Sequences

DoubleTwist http://www.doubletwist.com/ 

Genbank

Entrez (DNA/RNA + Protein + Medline + subset + Structures) http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/index.html 

BankIt -- sequence submission page http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt/ 

Genome Sequence Database (GSDB) http://www.ncgr.org/gsdb/gsdb.html 

EMBL Datalibrary

@ EMBNET-Switzerland Last full release & updates gopher://biox.embnet.unibas.ch:13021/11/EMBL updates

DbEST (cDNA fragments) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ dbEST/

Complete Organellar Genomes gopher://megasun.bch.umontreal.ca/11/Organelles/Genomes

Vector db -- a sequence database of recombinant DNA vectors http://biology.queensu.ca/~miseners/vector.html 

DDBJ --DNA Data Bank of Japan http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 

DDBJC --国际核酸序列数库(微生物所镜像) http://www.im.ac.cn/ddbjc.html 

Biosino Gene Database http://www.cdnap.org/ 

DNA & RNA Motifs, Sites, etc

ACUTS - Ancient conserved untranslated DNA sequences db http://pbil.univ-lyon1.fr/acuts/ACUTS.html 

NUCLEIC ACID RESEARCH上的网址

主要的序列数据库       

DDBJ数据库       http://www.ddbj.nig.ac.jp            已知的核酸和蛋白序列数据库,国际核酸序列数据库合作项目 

EMBL数据库       http://www.ebi.ac.uk/embl.html         已知的核酸和蛋白序列数据库,国际核酸序列数据库合作项目 

GenBank数据库      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/          已知的核酸和蛋白序列数据库,国际核酸序列数据库合作项目 

NCBI参考序列      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/       非冗余数据库                      

Ensembl数据库      http://www.ensembl.org/             真核生物基因组注释信息                 

UCSC基因组浏览器    http://genome.ucsc.edu/             基因组组装和注释                    

STACK数据库       http://www.sanbi.ac.za/dbases.html       非冗余基因簇                      

TIGR基因索引      http://www.tigr.org/tdb/tgi.shtml        非冗余基因簇                      

UniGene数据库      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene/      非冗余基因簇                      

比较基因组学       

COG数据库          http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cog         43种完整基因组的蛋白质的种系发生分类     

CORG数据库          http://corg.molgen.mpg.de            保守的非编码序列信息             

Homophila数据库       http://homophila.sdsc.edu            人的疾病基因与果蝇同源基因的关联       

MBGD数据库          http://mbgd.genome.ad.jp             用于比较基因组分析的微生物基因组数据库    

ParaDB数据库         http://abi.marseille.inserm.fr/paradb/      人基因组的种内同源基因作图          

SKY and CGH database     http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sky/        共享的肿瘤比较基因组学资源         

XREFdb数据库         http://www.ncbi.nlm.nih.gov/xrefdb/       具可变剪接基因的蛋白产物和表达模式      

基因表达       

ArrayExpress            http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress             公开的微阵列基因表达数据汇总     

Axeldb               http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.htm            爪蟾基因表达数据           

BodyMap               http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/          人和小鼠的基因表达数据        

EPConDB               http://www.cbil.upenn.edu/epcondb             内分泌胰脏协作组数据库         

FlyView               http://pbio07.uni-muenster.de/           果蝇发育和遗传学            

干扰素刺激基因数据库        http://www.lerner.ccf.org/labs/williams/xchip-html.cgi        干扰素诱导的基因表达        

基因表达数据库(GXD)         http://www.informatics.jax.org/menus/expression_menu.shtml      小鼠基因表达及基因组       

HugeIndex              http://hugeindex.org            人正常组织的mRNA表达水平     

MAGEST               http://www.genome.ad.jp/magest                海鞘基因基因表达模式         

MEPD                http://medaka.dsp.jst.go.jp/mepd           鳉鱼(Oryzias latipes)的基因表达数据  

耶鲁大学医学院Cooleyshi实验室    http://www.cshl.org/           果蝇卵室发育时期控制细胞骨架重建的调控途径

MethDB               http://www.methdb.de                          DNA甲基化数据            

MAGED小鼠基因表达数据库       http://genex.hgu.mrc.ac.uk                       小鼠基因的组织表达数据       

MTID数据库             http://mouse.ccgb.umn.edu/transposon/                  小鼠睡美人转座子插入信息       

NetAffx数据库            http://www.affymetrix.com                        公共Affymetrix公司探针及注释     

RECODE表达数据库          http://recode.genetics.utah.edu                  表达过程中采用程序化翻译编码的基因 

SeedGenes              http://www.seedgenes.org                  拟南芥发育有重要关联的基因      

斯坦福微阵列数据库(SMD)       http://genome-www.stanford.edu/microarray      来自微阵列实验的原始数据和均一化的数据

牙齿发育数据库(TDD)         http://bite-it.helsinki.fi/                    牙组织发育相关基因表达数据  

肾脏发育数据库           http://golgi.ana.ed.ac.uk/kidhome.html            肾脏发育和基因表达         

TRANSPATH              http://www.biobase.de/pages/products/datab ases.html        基因调控网络和微阵列分析     

TRIPLES               http://ygac.med.yale.edu           酵母中转座子的插入表型、定位及表达  

甲状腺激素受体资源项目(TRR)    http://xanadb.mgh.harvard.edu//receptor/trrfront.html        较完备的甲状腺受体信息      

 

基因鉴定及基因结构       

AllGenes             http://www.allgenes.org          人和小鼠的基因索引,整合基因、转录本和蛋白注释   

Ares实验室酵母内含子数据库    http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/yeast_introns.htmlyeast_introns.html  ;   酿酒酵母内含子、剪接体信息            

ASAP               http://www.bioinformatics.ucla.edu/asap              可变剪接异构体                  

CUTG               http://www.kazusa.or.jp/codon/                  密码子使用表                  

DBTBS              http://elmo.ims.u-tokyo.ac.jp/dbtbs/                 枯草杆菌反式作用因子和启动子         

EID               http://mcb.harvard.edu/gilbert/eid/                蛋白编码和含内含子基因的信息           

EPD               http://www.epd.isb-sib.ch/                实验获得的转录起始位点的真核生物POL II启动子  

ExInt              http://intron.bic.nus.edu.sg/exint/exint.html          真核生物的外显子-内含子结构           

Gene Resource Locator      http://grl.gi.k.u-tokyo.ac.jp                 ESTs与人类基因组完成序列的比对         

HS3D               http://www.sci.unisannio.it/docenti/rampone/         人类外显子、内含子及剪接区域           

HUNT               http://www.hri.co.jp/hunt                  已注释的人类全长cDNA序列            

HvrBase             http://www.hvrbase.org               灵长类线粒体DNA控制区域序列           

IDB/IEDB             http://nutmeg.bio.indiana.edu/intron/index.html                     内含子序列及进化                 

MICdb              http://www.cdfd.org.in/micas                 原核生物微卫星序列               

PACRAT              http://www.biosci.ohio-state.edu/pacrat            古细菌和细菌基因间隔序列特征           

PLACE              http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/place                 植物顺式激活调节元件              

Cytogenetics Gallery  http://www.pathology.washington.edu/galleries/cytogallery     提供显微镜下的染色体形态和鉴别染色体变异的信息

PlantCARE            http://oberon.rug.ac.be:8080/plantcare/              植物顺式激活调节元件              

PlantProm            http://mendel.cs.rhul.ac.uk/                   RNA聚合酶II的可能的启动子序列         

PromEC              http://bioinfo.md.huji.ac.il/marg/promec           实验获得的大肠杆菌转录起始位点的mRNA启动子   

RRNDB              http://rrndb.cme.msu.edu                原核生物核糖体RNA操纵子中的变异         

rSNP Guide            http://util.bionet.nsc.ru/databases/rsnp.html              基因调控区的单碱基多态             

RTPrimerDB            http://www.realtimeprimerdatabase.ht.st/                 可用的PCR引物及探针信息             

SNP Consortium database     http://snp.cshl.org                     SNP协作组数据资料                

SpliceDB             http://genomic.sanger.ac.uk/spldb/splicedb.html          典型和非典型的哺乳动物剪接位点         

Sputnik             http://mips.gsf.de/proj/sputnik                  簇化的植物ESTs的功能注释            

STRBase             http://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/                    短串联重复元件                 

TRANSCompel           http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html#transcompel           复合调节元件                  

Transterm            http://uther.otago.ac.nz/transterm.html                遗传密码、起始及终止信号           

TRRD               http://www.bionet.nsc.ru/trrd/                  真核生物基因反式调节区域           

VIDA               http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/virus_database/vida.html            病毒基因组开放阅读框             

WormBase             http://www.wormbase.org                            线虫生物学指南                 

YIDB          http://www.embl-heidelberg.de/externalinfo/seraphin/yidb.html         酵母核基因组和线粒体基因组的内含子序列    

 

遗传图和物理图       

DRESH                http://www.tigem.it/local/drosophila/dros.html           与果蝇突变体基因同源的人类cDNA克隆         

G3-RH                http://www-shgc.stanford.edu/rh/              斯坦福G3和TNG辐射杂种细胞图谱            

GB4-RH               http://www.sanger.ac.uk/software/rhserver/rhserver.shtml       人辐射杂种细胞图谱GB4                

约翰.霍普金斯大学基因组数据库    http://bis.ned.jhmi.edu/dan/proteins/owl.html        大量的基因、克隆、PCR标记、细胞遗传标记、遗

 

传图谱

GDB                 http://www.gdb.org                    人类基因和基因组图谱                

GenAtlas              http://www.citi2.fr/genatlas/                   人类基因、标记及表型                

GeneMap '99             http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genemap/               国际辐射图谱协作组下的人类基因图谱         

Genetpig              http://www.infobiogen.fr/services/genetpig              猪(Sus scrofa)的比较图谱              

GenMapDB              http://genomics.med.upenn.edu/genmapdb                已定位的人类BAC克隆                 

HuGeMap               http://www.infobiogen.fr/services/hugemap              人类遗传图和物理图数据              

IXDB                http://ixdb.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de                人X染色体的物理图                 

RHdb                http://www.ebi.ac.uk/rhdb                辐射杂种细胞图谱                 

统一数据库(UDB)          http://bioinfo.weizmann.ac.il/udb/           整合的人类图谱                  


基因组数据库       

ACeDB information          http://www.acedb.org/              线虫,裂殖酵母及人类的基因组序列和信息           

AMmtDB                http://bighost.area.ba.cnr.it/mitochondriome                后生动物线粒体基因                     

ArkDB                http://www.thearkdb.org/              农业相关和其他动物的基因组数据库              

ASAP                 https://asap.ahabs.wisc.edu/annotation/php/asap1.htm           基于各研究团体基因组注释和分析的系统注释          

BSD                 http://bsd.cme.msu.edu                 已知的生物降解生物的基因组比较数据             

CATMA                http://www.catma.org                            拟南芥基因序列标记(GSTs)                  

CnidBase               http://www.cnidome.bu.edu/                 刺胞动物进化基因组及基因表达                

综合微生物资源(CMR)         http://www.tigr.org/tigr-scripts/cmr2/cmrhomepage.spl          已完成测序的微生物基因组                 

CropNet               http://ukcrop.net/                             农作物基因图谱                       

CroW 21               http://bioinfo.weizmann.ac.il/crow21/                   人类21号染色体数据库                    

CyanoBase              http://www.kazusa.or.jp/cyano/                       Synechocystis sp.的基因组                 

Bean Gene              http://beangenes.cws.ndsu.nodak.edu                    豇豆与芸扁豆基因组数据库                  

加州理工学院基因组研究实验室     http://www.tree.caltech.edu/                 人、小鼠和微生物基因组项目               

EcoGene               http://bmb.med.miami.edu/ecogene/ecoweb/            大肠杆菌(E. coli K-12)的序列                

EMGlib                http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html                已测完的原核生物基因组序列                

ERGO           http://ergo.integratedgenomics.com/ergo           从基因组、生化、表达、遗传实验及文献整合的生物学数据   

FlyBase               http://flybase.bio.indiana.edu/             果蝇序列及基因组信息                    

Full-Malaria             http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp                 红细胞恶性疟原虫的全长cDNA文库               

GeneCards           http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards/       人类基因、图谱、蛋白及疾病信息的整合数据库         

Genew                http://www.gene.ucl.ac.uk/cgi-bin/nomenclature/searchgenes.pl       经核准的人类基因符号                    

GOBASE                http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/gobase.html             细胞器基因组数据库                     

GOLD                 http://igweb.integratedgenomics.com/gold/                 关于完成的及在进行的基因组测序工作信息           

Ge′noPlante-Info         http://genoplante-info.infobiogen.fr                  Ge′noplante协作组获得的植物基因组数据           

GrainGenes              http://www.graingenes.org                谷类作物基因组信息                     

HGT-DB                http://www.fut.es/~debb/hgt/            推测的原核生物基因组中的水平转移基因            

HIV序列数据库            http://hiv-web.lanl.gov/               HIV病毒的RNA序列                     

HOWDY                http://www-alis.tokyo.jst.go.jp/howdy/              整合的人类基因组信息                    

Human BAC Ends Database       http://www.tigr.org/tdb/humgen/bac_end_search/bac_end_intro.html      非冗余的人类BAC末端序列                   

ICB                 http://www.mbio.co.jp/icb                  原核生物蛋白编码基因数据                  

INE                 http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/ine.html          整合的水稻基因组分析及测序信息数据库           

IRIS             http://www.iris.irri.org      水稻种质基因生物学及耕作信息;水稻结构及功能基因组学和蛋白组学

Medicago Genome Initiative (MGI)      http://xgi.ncgr.org/mgi   苜蓿属荚果(legume Medicago)的ESTs、基因表达及蛋白质组数据 

孟德尔数据库家族(MDF)        http://www.mendel.ac.uk/          用基因组家族信息注释的植物EST和STS序列数据库       

MIPS                 http://www.mips.biochem.mpg.de/            蛋白及基因组数据库                     

MitBASE               http://www3.ebi.ac.uk/research/mitbase/mitbase.pl          线粒体基因组,种间变异和突变                

MitoDat               http://www-lecb.ncifcrf.gov/mitodat/             主要是人线粒体蛋白数据                   

MITOMAP               http://www.gen.emory.edu/mitomap.html        人线粒体基因组                       

MitoNuc/MitoAln           http://bio-www.ba.cnr.it:8000/biowww/#mitonuc    编码线粒体蛋白的核基因                  

MITOP                http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/medgen/mitop/             线粒体蛋白、基因和疾病                  

MOsDB                http://mips.gsf.de/proj/rice                 水稻(Oryza sativa)基因组                 

小鼠基因组数据库(MGD)        http://www.informatics.jax.org               小鼠遗传学、基因组学、遗传位点及表型           

MtDB                 http://www.medicago.org/mtdb                 Medicago trunculata基因组                 

NRSub                http://pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html       枯草杆菌(B. subtilis)基因组                     

OGRe                 http://www.bioinf.man.ac.uk/ogre            200多种后生动物完整的线粒体基因组序列           

Oryzabase              http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/        水稻遗传学和基因组学                    

PEDANT基因组数据库        http://pedant.gsf.de              已注释的Phytophthora基因组信息               

协作组数据库         https://xgi.ncgr.org/pgc            Phytophthora infestans的ESTs序列              

植物Phytophthora基因组协作组数据库    http://zmdb.iastate.edu/plantgdb/          活跃转录的植物基因组序列                           

PlasmoDB               http://plasmodb.org        疟原虫基因组                       

ChickBASE              http://www.ri.bbsrc.ac.uk/chickmap/chickgbase/manager.html        鸡基因组数据                       

蛋白质组生物知识库    http://www.proteome.com             模式生物病原体、哺乳动物蛋白质组             

大鼠基因组数据库(RGD)         http://rgd.mcw.edu               大鼠的遗传学和基因组学数据                 

水稻基因组数据库(RGD)        http://www.genomics.org.cn:8080/bgi/rice/data.htm      中国科学院水稻基因组数据库                

RiceGAAS               http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/      水稻基因组序列                       

RsGDB                http://www-mmg.med.uth.tmc.edu/sphaeroides           Rhodobacter sphaeroides基因组              

RTPrimerDB              http://www.realtimeprimerdatabase.ht.st             实时PCR引物和探针序列                   

酵母基因组数据库(SGD)    http://genome-www.stanford.edu/saccharomyces/        酿酒酵母基因组                      

SOURCE                http://source.stanford.edu              提供动态收集的许多科学数据库的资料            

SubtiList              http://genolist.pasteur.fr/subtilist/              168种杆菌的基因组                     

拟南芥信息资源(TAIR)         http://www.arabidopsis.org/               拟南芥基因组                       

TIGR微生物数据库           http://www.tigr.org/tdb/mdb/mdbcomplete.html              微生物基因组和染色体                   

TIGR水稻基因组注释资源        http://www.tigr.org/tdb/e2k1/osa1/             水稻序列,BAC/PAC克隆系及相关作图数据          

弓形虫基因组数据库(ToxoDB)      http://toxodb.org              弓形虫(Toxoplasma gondii)基因组             

WILMA                http://www.came.sbg.ac.at/wilma/            线虫注释数据库                       

WorfDB                http://worfdb.dfci.harvard.edu              线虫开放阅读框组                      

WormBase               http://www.wormbase.org/               线虫及相关蠕虫基因组数据                  

ZFIN                 http://zfin.org/                  斑马鱼遗传、基因组及发育数据                

ZmDB                 http://zmdb.iastate.edu/              玉米基因组数据库                     

塞莱拉基因组学数据库       http://www.celera.com/home.asp         塞莱拉公司有关人类基因组和果蝇基因组的信息  

 

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