转录是从DNA分子的特定部位开始的，这个部位也是RNA聚合酶全酶结合的部信这就是启动子。为什么RNA聚合酶能够仅在启动子处结合呢？显然启动子处的核苷酸序列具有特殊性，为了方便，人们将在DNA上开始转录的第一个碱基定为+1，沿转录方向顺流而下的核苷酸序列均用正值表示；逆流而上的核苷酸序列均用负值表示。
启动子通常位于＋１位点的上游，总长度在40-60bp之间。启动子由三个不同功能的核苷酸序列组成，一是识别部位，就是RNA聚合酶σ亚基的识别部位，它位于-35碱基对处，具有5’—TTGACA—3’或类似序列，称为TATA框；-35序列的重要性还在于在很大程度上决定了启动子的强度。二是结合部位，在此部位上酶与DNA结合，位于-10碱基对处，富含AT碱基对，根据1975年发现它的学者David Pribow的名字被称为Pribow框；三是转录起始部位，这是RNA合成的起点，位于＋１碱基对处。
真核生物的启动子有其特殊性，真核生物有三种RNA聚合酶，每一种都有自己的启动子类型。以RNA聚合酶Ⅱ的启动子结构为例，人们比较了上百个真核生物RNA聚合酶Ⅱ的启动子核苷酸序列发现；在-25区有TATA框，又称为Hogness框或Goldberg-Hogness框，其一致序列基本上都由A，T碱基所组成。离体转录实验表明，TATA框决定了转录起点的选择，天然缺少TATA框的基本可以从一个以上的位点开始转录。在-75区有CAAT框，其一致的序列为GGTCAATCT。有实验表明CAAT框与转录起始频率有关。
除启动子外，真核生物转录起始点上游处还有一个称为增强子的序列，它能极大地增强启动子的活性，它的位置往往不固定，可存在于启动子上游或下游，对启动子来说它们正向排列和反向排列均有效，对异源的基因也起到增强作用，但许多实验证实它仍可能具有组织特异性，例如免疫球蛋白基因的增强子只有在B淋巴细胞内活性最高，胰岛素基因和胰凝乳蛋白酶基因的增强子也都有很高的组织的特异性。
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