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Biopython

2009-10-29 19:46:56| 分类： Python | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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　　什么是biopython？

　　Biopython计划是一个使用python来开发计算分子生物学工具的国际社团(http://www.python.org). 该网址http://www.biopython.org提供一个在线的基于python的生命科学研究的模块，脚本和网络链接。基本来说，我们喜欢使用python来编程，并且希望对生物信息学来说尽量容易的使用python创建高质量，可重用的模块和脚本。

　　在biopython工具包中能够发现什么

　　主要的Biopython发行版有很多功能,包括:

　　1，将生物信息学文件分析成python可利用的数据结构, 包括以下支持的格式：

　　Blast输出 – standalone和网络blast

　　Clustalw

　　FASTA

　　GenBank

　　PubMed和Medline

　　Expasy文件, 例如 Enzyme, Prodoc和Prosite

　　SCOP, 包括‘dom’和‘lin’文件

　　UniGene

　　SwissProt

　　被支持格式的文件可以通过记录来重复或者通过字典界面来索引。

　　2，处理常用的在线生物信息学数据库代码：

　　NCBI – Blast, Entrez和PubMed服务

　　Expasy – Prodoc和Prosite条目

　　3，常用生物信息程序的界面，例如：

　　Standalone Blast from NCBI

　　Clustalw 比对程序

　　一个标准序列类处理序列、ID和序列特征

　　对序列处理的常规操作，例如翻译，转录和重量计算。

　　代码以处理使用k最近邻接，Bayes或SVM进行分类

　　代码以处理比对，包括标准方法和处理替换矩阵

　　代码以轻易分解平行任务为分离的过程

　　GUI程序以进行基础的序列操作，翻译，BLAST等

　　使用模块的扩展文档和帮助，包括这个文件，在线wiki文档和网站以及mail列表和其他语言进行整合，包括Bioperl和Biojava计划, 使用BioCorba接口标准。我们希望这给了你足够的原因下载和开始使用Biopython!.

摘自：http://baike.baidu.com/view/1003818.htm?fr=ala0

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