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Biopython  

2009-10-29 19:46:56|  分类: Python |  标签: |举报 |字号 订阅

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  什么是biopython?

  Biopython计划是一个使用python来开发计算分子生物学工具的国际社团(http://www.python.org). 该网址http://www.biopython.org提供一个在线的基于python的生命科学研究的模块,脚本和网络链接。基本来说,我们喜欢使用python来编程,并且希望对生物信息学来说尽量容易的使用python创建高质量,可重用的模块和脚本。

  在biopython工具包中能够发现什么

  主要的Biopython发行版有很多功能,包括:

  1,将生物信息学文件分析成python可利用的数据结构, 包括以下支持的格式:

  Blast输出 – standalone和网络blast

  Clustalw

  FASTA

  GenBank

  PubMed和Medline

  Expasy文件, 例如 Enzyme, Prodoc和Prosite

  SCOP, 包括‘dom’和‘lin’文件

  UniGene

  SwissProt

  被支持格式的文件可以通过记录来重复或者通过字典界面来索引。

  2,处理常用的在线生物信息学数据库代码:

  NCBI – Blast, Entrez和PubMed服务

  Expasy – Prodoc和Prosite条目

  3,常用生物信息程序的界面,例如:

  Standalone Blast from NCBI

  Clustalw 比对程序

  一个标准序列类处理序列、ID和序列特征

  对序列处理的常规操作,例如翻译,转录和重量计算。

  代码以处理使用k最近邻接,Bayes或SVM进行分类

  代码以处理比对,包括标准方法和处理替换矩阵

  代码以轻易分解平行任务为分离的过程

  GUI程序以进行基础的序列操作,翻译,BLAST等

  使用模块的扩展文档和帮助,包括这个文件,在线wiki文档和网站以及mail列表和其他语言进行整合,包括Bioperl和Biojava计划, 使用BioCorba接口标准。我们希望这给了你足够的原因下载和开始使用Biopython!.

摘自:http://baike.baidu.com/view/1003818.htm?fr=ala0

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