假基因(pseudogene)，又称为拟基因或伪基因。具有与功能基因相似的序列，但由于有许多突变以致失去了原有的功能，所以假基因是没有功能的基因，常用ψ表示。
1977年在爪蟾的5S基因系统中发现了假基因，以后在珠蛋白基因簇、免疫球蛋白基因簇以及组织相容性抗原基因簇中都发现有假基因，而且通常是散布于有活性的功能基因之间。关于假基因的来源一般认为是由mRNA反转录成cDNA，然后整合在基因组中。假基因同cDNA一样没有内含子序列，也没有启动基因转录的启动子序列，而在5’端都有mRNA分子特有的多聚腺苷[poly(A)]序列。
由于假基因没有生物学功能，所以不再受到进化的选择压力，因此在假基因中可以积累许多突变，并常常同时存在三种终止密码子序列。假基因是由功能基因演变而来，可以看作是进化的一种遗迹。但既然假基因是没有功能的，为什么仍然存在于基因组中呢?而且有证据表明，有的假基因还会重复形成，如山羊的类β--白基因的假基因g#x和gpz。这些都是有待深入研究的进化问题。
假基因是一种非自主的反转录转座元件。由于它来源于RNA聚合酶Ⅱ的转录产物，因此假基因必定是没有转录活性的。这是因为反转录产生假基因的RNA不包含位于转录起点上蝣的启动子序列。假基因通常具有mRNA的特征，所以称为已加工的假基因(processed pseudogene)。假基因不含内含子序列，末端有很短一段A·T碱基对，两端又各有一个短的正向重复序列，在染色体上的位置与其原先所在位置无关等，这些结构特征都说明了假基因的反转录转座起源假说。当然，目前对此也还存在不同的看法，主要是由于假基因本身并不编码反转录酶，也不产生转座酶等。因此，有人提出，假基因的出现可能是以反转录病毒为中介的转座过程，被转座序列的末端只是偶然地同转座子的末端相似而已。
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